/* Enable pull-up on the IO13 pin so we can use it to select the mode */
                PORTC |=  (1 << 7);
                Delay_MS(10);
+
+               /* If IO13 is not jumpered to ground, start the user application instead */
                JumpToApplication |= ((PINC & (1 << 7)) != 0);
-               PORTC &= ~(1 << 7);
-       #endif
 
-       #if ((BOARD == BOARD_XPLAIN) || (BOARD == BOARD_XPLAIN_REV1))
+               /* Disable pull-up after the check has completed */
+               PORTC &= ~(1 << 7);
+       #elif ((BOARD == BOARD_XPLAIN) || (BOARD == BOARD_XPLAIN_REV1))
                /* Disable JTAG debugging */
                JTAG_DISABLE();